Определение SNVs и CNVs из пяти клеток за один этап секвенирования с набором SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-SeqKit

 Точное определение SNVs иCNVs из пяти клеток за один этап секвенирования.


Точное определение вариантов количества копий (CNVs) и отдельных нуклеотидных замен (SNVs) в образцах с низким содержанием ДНК является очень дорогостоящей процедурой за счет необходимости создавать отдельные библиотеки для каждого анализа. Для получения полной картины при исследовании онкологических заболеваний зачастую требуется определить как CNV, так и SNV. Для этого необходимо провести высокоинформативное полногеномное секвенирование для определения SNVs и CNVs, однако это довольно затратно и непрактично. 

 

Наиболее общим подходом для достижения высокой информативности, необходимой для детекции редких SNVs, является использование таргетного секвенирования, которое позволяет исследователям сфокусировать риды секвенирования только на определенных областях генома. Однако, и для определения CNVs нужно готовить библиотеку и проводить секвенирование.


Путем объединения методов высококачественной подготовки библиотек и обогащения ампликонов, ученым Takara BIO удалось определить таргетные SNVs и полногеномные CNVs  с помощью «неглубокого» секвенирования получая всего 1 млн ридов на образец, за один этап секвенирования. Этот метод значительно отличается от подходов полногеномного секвенирования, которые требуют дополнительного синтеза библиотек и отдельных этапов секвенирования для определения CNVs и SNVs. «Изюминка» метода в том, что библиотеки можно подготовить за один день, значительно снижая время работы и затраты лаборатории.

 

С помощью двух коммерческих наборов и набора SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-SeqKit (PicoPLEX Gold), секвенирования AmpliSeq (Illumina) возможно определить CNVs и SNVs за один раунд секвенирования (0,5 миллионов 75 bp парных прочтений). Вся процедура занимает всего один день и является самой экономичной и быстрой технологией, доступной на рынке.

 

Читать статью полностью