Точное определение вариантов
количества копий (CNVs) и отдельных нуклеотидных замен (SNVs) в образцах с
низким содержанием ДНК является очень дорогостоящей процедурой за счет
необходимости создавать отдельные библиотеки для каждого анализа. Для получения
полной картины при исследовании онкологических заболеваний зачастую требуется
определить как CNV, так и SNV. Для этого необходимо провести
высокоинформативное полногеномное секвенирование для определения SNVs и CNVs,
однако это довольно затратно и непрактично.
Наиболее общим подходом для
достижения высокой информативности, необходимой для детекции редких SNVs,
является использование таргетного секвенирования, которое позволяет
исследователям сфокусировать риды секвенирования только на определенных
областях генома. Однако, и для определения CNVs нужно готовить библиотеку и
проводить секвенирование.
Путем объединения методов
высококачественной подготовки библиотек и обогащения ампликонов, ученым Takara BIO удалось определить таргетные SNVs и
полногеномные CNVsс помощью
«неглубокого» секвенирования получая всего 1 млн ридов на образец, за один этап
секвенирования. Этот метод значительно отличается от подходов полногеномного
секвенирования, которые требуют дополнительного синтеза библиотек и отдельных
этапов секвенирования для определения CNVs и SNVs. «Изюминка» метода в том, что
библиотеки можно подготовить за один день, значительно снижая время работы и
затраты лаборатории.
С помощью двух коммерческих
наборов и набора SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-SeqKit (PicoPLEX Gold),
секвенирования AmpliSeq (Illumina) возможно определить CNVs и SNVs за один
раунд секвенирования (0,5 миллионов 75 bp парных прочтений). Вся процедура
занимает всего один день и является самой экономичной и быстрой технологией,
доступной на рынке.