Какой метод РНК-секвенирования отдельных клеток выявляет больше генов в клетках с низким содержанием РНК?

Если ваши исследования лежат в области РНК-секвенирования или вы являетесь в ней новичком и не знаете с чего начать, то данная статья может вам помочь.

Эксперименты в области секвенирования РНК одиночных клеток состоят из двух основных фаз: генерация кДНК и подготовка библиотеки. Набор SMART-Seq Single Cell PLUS от компании Takara BIO дает вам инструменты для выполнения обеих задач.

Данный набор сравнили с другими методиками. Компонент набора для создания кДНК (SSsc) сравнивали с популярным протоколом Smart-seq2 (SS2) и его обновленной версией Smart-seq3 (SS3). Компонент подготовки библиотеки (SSlp) сравнивался с широко используемым методом Illumina Nextera® XT. Было протестировано несколько исходных материалов: культивируемые клетки (панель A), первичные клетки (панель B) и РНК всего органа (панель C). Работа проведена с применением двух широко используемых роботов, MANTIS и mosquito HV. Полученные данные были проанализированы с помощью программного обеспечения для биоинформатики CogentAP (Takara BIO).

Схема рабочего процесса от Holcomb et al. J. Biomol. Tech. 32 (2021). Используется с разрешения Association of Biomolecular Resource Facilities.

Более подробную информацию о том, как комплексное решение помогает обнаружить большее количество генов при сохранении совместимости с автоматизацией и миниатюризацией рабочего процесса можно найти в статье «Benchmarking single-cell mRNA-sequencing technologies uncovers differences in sensitivity and reproducibility in cell types with low RNA content» в декабрьском выпуске журнала the Journal of Biomolecular Techniques.